1821년 프랑스 북부 도시 루앙에서 태어났다. 아버지는 외과 의사였고, 내과 의사의 딸인 어머니는 플로베르의 삶과 작품에 커다란 영향을 끼쳤다. 어린 플로베르는 병원에서 주로 시간을 보냈는데 이때의 경험으로 염세적인 사고를 갖게 된다. 세르반테스의 《돈키호테》는 셰익스피어와 더불어 그가 가장 사랑하는 책이었고, 이들에 대한 존경심이 그의 정신을 뒷받침하는 양식이 되었다. 염세주의와 해학 정신은 자동차의 두 바퀴처럼 두 축을 이루며 끝까지 플로베르의 사고 밑바탕에 존재한다. 고등학교에 입학한 플로베르는 당시의 우울한 낭만주의의 영향을 받고 ‘광기와 자살 사이에서 방황하는’소년이 되어 많은 습작을 한다.

바이런의 조숙한 독자이자 셰익스피어의 광적인 팬이었던 십 대의 플로베르는 여행 중에 젊고 생기 있는 연상의 여인 엘리자 슐레징거를 만나게 된다. 그가 상상할 수 있는 최고의 완벽한 여인으로서 슐레징거는 평생 그의 마음속에 있었고, 그녀에 대한 오랜 사랑은 그의 삶과 작품을 결정짓는 중요한 모티프가 되었다. 열여덟 삶에 법학을 공부하기 위해 파리로 떠났으나, 신경질환으로 인해 삼 년 뒤 학업을 중단하고 고향 마을로 돌아와 홀로 된 어머니와 함께 살면서 글쓰기에 전념했다.

초기 작, 특히 『성 앙투안의 유혹』에서 그는 대담한 상상력을 자유롭게 펼쳤으나, 이후에는 친구들의 조언에 따라 예술적인 객관성을 획득하고 산문 스타일과 조화를 이루기 위해 낭만주의적인 풍성함을 혹독하게 훈련하였다. 이렇게 예술적 완전성을 갖추기 위한 노력은 그에게 커다란 고역임은 물론 생전에 제한된 성공만을 가져왔다. 1857년에 『마담 보바리』를 출간하고 나서는 대중적인 도덕률을 위반한다는 이유로 기소되었고, 이국적인 소설 『살람보』(1862)는 고고학적인 세부 사항의 외형적 묘사에 불과하다는 이유로 비판을 받았다. 자기 세대의 도덕적인 역사를 다루려는 『감정 교육』 (1869)은 비평가들의 오해를 샀으며, 정치적 희곡 『후보자』(1874)는 참담한 실패를 겪어야 했다. 『세 개의 우화』(1877)만이 완전한 성공을 이루었는데, 그것은 플로베르의 기분, 건강, 재정이 가장 밑바닥에 있을 때였다. 1880년 사후에 그의 미완결 유작 『부바르와 페퀴셰』와 『서한집』이 출간되는 것을 기화로 그에 대한 평가가 서서히 힘을 얻고 명성 또한 높아지게 되었다.